Cele mai comune trei tipuri de membrane de transfer utilizate pentru detectarea transferului de proteine și acid nucleic sunt membranele de nitroceluloză, membranele de fluorură de poliviniliden (PVDF) și membranele de nailon. Membranele de nitroceluloză sunt o matrice utilizată în mod obișnuit în blotarea proteinelor datorită afinității lor mari de legare a proteinelor și compatibilității cu diferite metode de detectare. Capacitatea de legare a proteinelor a membranelor de nitroceluloză este de 80-100 µg/cm², iar imobilizarea proteinelor are loc în principal prin interacțiuni hidrofobe. Membranele de nitroceluloză sunt fragile și fragile, limitând utilizarea lor pentru deetichetare și reetichetare.
Membranele de fluorură de poliviniliden (PVDF) au o afinitate mare de legare atât pentru proteine, cât și pentru acizi nucleici. Membranele PVDF sunt foarte hidrofobe și trebuie pre-udate cu metanol sau etanol înainte de imersarea în tampon de transfer. Capacitatea de legare a proteinelor a membranelor PVDF este de 170-200 µg/cm². În comparație cu nitroceluloza, membranele PVDF sunt mai puțin fragile și mai puțin fragile, au o rezistență mecanică și o stabilitate chimică mai bune și sunt potrivite pentru experimentele de Western blot care necesită etape de demarcare și reetichetare. Datorită hidrofobicității lor, membranele PVDF sunt o alegere preferată pentru proteinele hidrofobe.
Membranele de nailon leagă proteinele și acizii nucleici prin interacțiuni ionice, electrostatice și hidrofobe. Capacitatea de legare a proteinelor a membranelor de nailon poate ajunge la 480 µg/cm². Membranele de nailon prezintă o durabilitate ridicată, oferind avantaje în experimentele Western blot care necesită proceduri de demarcare și reetichetare. Un dezavantaj semnificativ al utilizării membranelor de nailon pentru aplicații de blotting este potențialul de legare ne-specifică cu anioni.